Pelo que pesquiseu, parece ser um bug do windows 8/8.1
Achei uma solução, temporária ou não, está funcionando corretamente.
Clique com o Botão direito do ícone do menu iniciar, e clique em Sistema, vai em Configurações
avançada do sistema, ou Pressione a tecla Windows + Pause/Break , logo em seguida, vai em avançado, e clique em configurações ( na aba desempenho), apos isso clique em personalizar marque somente:
Habilitar o Peek
Mostrar retângulo da seleção translucido
Fonte: http://answers.microsoft.com/pt-br/windows/forum/windows8_1-performance/windows-81-100-uso-de-disco-e-com-travamento/f1cc344f-0931-456b-98cc-480ee50cea99?page=1
e as 2 ultimas da caixa.
Edit: Parece que volta a 100% de uso quando executo um programa, mas depois de alguns segundos volta a 0/1%