Raphael,
Na minha época de técnico em eletrônica, um meio simples dos fabricantes "protegerem" os seus circuitos da inversão de polaridade, como foi o seu caso, era colocando, logo após o conector de entrada da fonte um diodo inversamente polarizado.
Desta forma, quando um descuido acontecesse, o diodo ficaria diretamente polarizado, colocando a fonte de alimentação em curto, evidentemente, queimando tal diodo.
Desta forma, o equipamento passaria a ter o comportamento que você descreve, ou seja, não carrega a bateria e nem funciona pela fonte.
Siga as trilhas da placa, se bem que hoje as placas são multicamadas, o que lhe dará um pouco mais de trabalho, e verifique se este diodo não existe na sua placa. Outra forma de verificar isso é simplesmente verificando se a fonte, quando conectada ao notebook não "entra em curto" indo assim sua saída a zero... principalmente por ser uma fonte chaveada.