Disputa de meio (Threads)

[Battery]

Pessoal, acabei de terminar um programa em C, gostaria de colocar neste programa um relogio, para que ficasse mostrando a hora enquanto o usuario realiza outras operações. No caso ate consegui fazer que funcione tudo isso corretamente, porém, toda vez que o relogio passa o segundo o programa sobe a tela, atrapalhando assim que o restante das funções continuem, esta havendo uma concorrencia da tela eu acredito, usei o gotoxy e td mais, porém a thread esta segurando o _(underscore/cursor) la em cima. Obs: A leitura nao foi comprometida. O que eu poderia fazer para que a thread em execução nao atrapalhasse as funções que estão sendo operadas, porém que ela continue operando tb em paralelo?