AMIGO, tu formatou e instalou o windows no desktop claramente tu instalou os drivers do desktop, quando tu passar o hd para o note claramente ele nao funcionara pois esta configurado com os drivers do desktop, recomendo que tu faça a formataçao do hd deixe ele zerado e instale no notebook, o seu leitor de cd do note queimou ?! caso nao instale normalmente. caso tenha queimado tu tem que manda o modelo e a configuração da sua maquina para ver na bios se é possivel boot pelo usb para pelo menos tu instalar via pendrive ou ate mesmo pelo leitor de dvd externo.
... verifique antes de instalar o windows se é window 7 ou XP e se na bios tem a opção de HCI ou IDE ... se for windows XP so funciona em IDE caso for window 7 funciona em HCI ....